Apellido compuesto, posiblemente proviene de estos nombres. Agua, vertiente y huiña, güiña o gato colorado (Leopardus guigna)2​ es un felino endémico de la región Pacífico del continente sudamericano. Su distribución se extiende desde la zona central de Chile, hasta la Patagonia (Argentina y Chile). "Huiña" es una adaptación de la palabra mapuche wiña, que significa "cambio de morada".
Por tanto, el apellido Aguagüiña significaría, Agua del felino; o, cambio de morada del agua.