Encontramos distintas versiones sobre el origen de este apellido. Pedro Lezcano dice que los así apellidados proceden de la ciudad de Guadalajara, cuyo nombre tomaron. Lozano afirma que hubo un solar de este apellido en las montañas de León. Hita entiende que los Guadalajara y los Guadalfajara son unos mismo y que primeramente se apellidaron Guadalfajara. Baños de Velasco basa el origen de este linaje en una leyenda. Otros tratadistas aseguran que los caballeros de este apellido que se establecieron en Guadalajara eran naturales de Zamora, a donde volvieron algunos de ellos después de realizada la conquista. En efecto, en la ciudad de Zamora hubo una casa de este linaje. Alonso Núñez de Castro, señala como tronco de esta familia a un caballero, cuyo nombre se ignora, el cual, en compañía del Conde Alvar Yañez Minaya, se halló en la conquista de Guadalajara en tiempo de don Alfonso VI, distinguiéndose en el asalto. Para perpetuar el recuerdo de su hazaña, tomó por sobrenombre el de dicha ciudad. De dicho caballero fué descendiente Alfonso González de G., del que procedieron, en opinión del mencionado Núñez de Castro, los que poblaron en la ciudad de Zamora, donde fundaron mayorazgo, y los que acompañaron a don Fernando III el Santo en la conquista de Sevilla.