Muy antiguo apellido castellano de origen toponímico, poco frecuente y disperso por España, pero registrado sobre todo en las provincias de Barcelona, Zaragoza, Almería, Madrid, La Rioja y Navarra; asientos menores se registran en las prov. de Jaén, Alicante, Huesca, valencia, Murcia, Sevilla, Granada, Tarragona, Vizcaya, Soria, etc.
Procede del topónimo Magaña, nombre de una población en la prov. de Soria, cuyo étimo es la voz euskera magaña, “viña de la cima”, “lugar de mijos”, pues fue fundada por repobladores vascones.
Los Magaña extendieron sus ramas, en tiempos antiguos, por otros lugares de Castilla, Aragón y Valencia, región ésta última donde adoptaron la forma Maganya, y desde la cual pasaron a Catalunya. Ya en el siglo XV había familias Magaña (Maganya) en el antiguo reino de Valencia, con casas en Sogorb (1421) y El Toro (1466).
De San Esteban de Gormaz (Soria), descendió en el siglo XVI el caballero hijodalgo Fco. de Magaña, que probó su hidalguía ante la Real Chancillería de Valladolid, en 1573.
De Guadalajara fue Luis de Magaña, que obtuvo el mismo reconocimiento en 1608. Ante la Real Chancillería de Granada probó su hidalguía, Manuel Magaña, vecino de Mecina-Bombarón (Granada), en 1781.
Armas.- El “Repertorio de Blasones de la Comunidad Hispánica” recoge, en primer lugar: En plata, dos lobos, de sable, puestos en palo.
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