Muy antiguo apellido de origen catalán, más frecuente como Verdaguer que como Verdeguer, si bien la forma antigua del mismo fue la de Verdeguer, cuyo origen está, en el latín Viridicárium, “vergel”, “huerta”.

Coromines registró una localidad antigua de nombre Verdeguer en el término de Sant Iscle de les Feixes y una masía de nombre Verdeguer en Sant Llorenç de Cerdans, documentada en 1168. Hoy día la forma Verdeguer es casi exclusiva del País Valenciano, mientras que la de Verdaguer se registra más en Catalunya.

Como Verdeguer aparece este apellido ya entre los primeros repobladores del antiguo reino de Valencia, con casas en Montesa y Vallada (1289), Valencia (1306), Gandía (1373) y Dénia (1381). En Catalunya, en el censo del año 1358, se registra sólo la forma Verdeguer, con casas en Vallvert y en Sant Celoni, ambas poblaciones propiedad de la Orden de Sant Joan, y en la localidad de Castell de Pontons (Buulúm).

En el censo catalán de 1497, ya aparece la forma Verdaguer, y en el del año 1553 ya era ésta última mayoritaria, quedando pocas familias que seguían usando la de Verdeguer. Ferrer Verdeguer, Burgués y Síndico de Figueres (Girona), asistió por el Brazo Real a las Cortes catalanas de 1446.
Francisco Verdaguer, natural de Barbastro (Huesca), asistió como Caballero Infanzón a las Cortes Generales de Aragón, celebradas en 1626.

Armas.- Los Verdeguer traen, según el “Repertorio de Blasones de la Comunidad Hispánica”: En plata, seis lises, de azur, puestas en tres palos de a dos.