Los Borja ecuatorianos somos descendientes de San Francisco de Borja y Aragón. Al respecto vean la página Borja, página nueva 1.
Debo también indicar que, en Ecuador, existen otras dos familias Borja, sin relación de consanginidad con la nuestra, ni entre sí. Una (Los Borja Galarza) que descienden de una persona de origen chino, quien fué ahijado de mi bisabuelo Dr. Juan Borja y Mata, quién simplemente se tomo el apellido, para así poder radicar libremente en el país. La otra familia Borja se origina en varios afro descendientes, quienes fueron declarados libertos por un Borja, quien lo hizo al adquirir una hacienda donde aquellos servían en esclavitud.

En el Peru,tambien existe el apellido Borja,orgullozos por lo que somos,sino pregunteles a las personas que nos conocen,pero un poco descontentos por nuestros antepasados.

En Ecuador, desde hace más de cuatro siglos, es decir desde antes de su independencia de España, existimos descendientes de la valenciana familia Borja o Borgia, siendo nuestra familia bien conocida, y de su ascendencia igualmente, siendo que son muchos sus miembros, a lo largo de la historia del país desde época colonial hasta el presente, que han mantenido relevante injerencia en variados ámbitos; pero de ellos, en especial, en los del derecho, la enseñanza, la política y la poesía.

Los Borja en Ecuador, viven principalmente en Quito, Riobamba, Cuenca, Machala y Guayaquil, procediendo todos de un mismo tronco, con grados de parentesco relativamente cercanos entre sí.

Necesario es también mencionar que, en Ecuador coexisten otras dos familias Borja, sin ninguna relación de consanguinidad con la nuestra, ni ellos entre sí. Una, fundada por una persona de origen chino, quien como ahijado de mi bisabuelo el Dr. Juan Borja y Mata (revolucionario liberal e hijo primogénito del Dr. Luis Felipe Borja y Pérez ((padre)), con María Mercedes Mata y Viteri), a principios del siglo XX, se apropio del apellido de su padrino, siendo que lo mencionado fue una práctica que, en ese sentido, asumieron muchos ciudadanos chinos, pues con ello se les facilitaba el poder radicarse en nuestro país; de aquel proceden, por ser sus hijos, los Borja Galarza y sucesores de estos, como lo son, entre otros, los Borja Sáenz de Viteri, Borja Aguirre, Borja Jimeno y Borja Farah. La otra familia es de origen africano, cuyos varios antecesores, según tradición, en el siglo XIX, adoptaron el apellido, en el país, de un amo común (Borja), quien los declaró libertos después de adquirir la hacienda, donde servían.