Este apellido nace en la epoca de la conquista española en el Peru, cuando un noble italiano de apellido fabricio chilli se unio en vinculo matrimonial con una princesa inca de nombre cusi tupa, logrando unir dichos apellidos para formar el de "Chillitupa".

En los archivos de la Biblioteca de la Universidad Nacional San Antonio de Abad del Cusco, se encuentra un libro sobre procesos judiciales en el virreynato del Perú, entre ellos esta el juicio que 1795 entabla Mariano Chillitupa Cacique de Anta a la corona española por no recompensarles economicamente ni cumplir con sus ofrecimientos de repartirse las propiedades, fortunas, y privilegios de los caciques rebeldes; en la rebelión de: José Gabriel Condorcanqui o "Tupac Amaru II".
Previa a la rebelion de Tupac Amaru, muchos caciques y descendientes de las panacas reales son convocados con el objetivo de luchar contra los españoles y reinvindicar los derechos del pueblo Inca, muchos de los cuales aceptan plegarse a la causa; sin embargo una vez iniciada la rebelión, caciques como Chillitupa y Mateo Pumacahua desisten a cambio de acuerdos o pre vendas que astutamente ofrecen las autoridades españolas.
El proceso dura muchos años, el demandante muere en 1807, sin solucion a su petitorio, sintiendose traicionado por la corona y repudiado por los suyos.