Apellido de origen toponímico, poco frecuente y disperso por España, con sus principales asientos en Madrid Barcelona, Soria, Málaga, Burgos y Asturias, siendo menor su presencia en Álava, Gerona, Valencia, Vizcaya, Zaragoza, Sevilla, Badajoz, etc. Tuvo su origen en lugares llamados Cubilla existentes en las provincias de Burgos y Soria, cuyo nombre deriva del latín –cupa-, “cuba”, con el sentido, en general, de “valle, cubeta de un río”.

Existe el plural Cubillas, apellido que puede proceder, en parte, de una pluralización de Cubilla, pero que por lo general procede de lugares llamados Cubillas. Una antigua y noble casa de Cubilla hubo en la villa de Casa la Reina (La Rioja), de la que fue descendiente María de Cubilla, que vio reconocida su hidalguía, en 1592, por la Sala de los Hijosdalgo de la Real Chancillería de Valladolid. El mismo reconocimiento de hidalguía obtuvo ante la Real Chancillería de Granada, en 1797-1817, Pedro Marcos Sanz Cubilla, nacido en Mancha Real (Jaén) y vecino de Pulianas (Granada). María Fernández de la Cubilla fue madre de Juan Pacheco Fernández de la Cubilla, nacido en Alceda (Cantabria) hacia el año 1590, que fue abuelo de Diego Villegas Ceballos y Pacheco Fernández de la Cubilla, nacido en Vejoris (Cantabria) en 1653, Hijosdalgo en Vejoris en 1668 y Caballero de la Orden de Calatrava, en 1703.

Armas.- El “Repertorio de Blasones de la Comunidad Hispánica” recoge para Cubilla: En campo de plata, un guerrero, de gules, fajado de oro y con una lanza en la diestra.